紫花苜蓿是多年生草本植物，壽命6-8年。根系直，圓錐形，發達。主根埋深3 ~ 6米，深度可達10米。側根主要分布在30 cm以內的土層中。根的上端與莖的連接處形成膨大的根冠，根冠上密密麻麻地長出許多芽，而根冠上的芽則形成莖枝和再生枝。