1、 脫脂大豆因原形已破壞，采用灑水方式使其吸水，其灑水量為脫脂大豆重量的120～130%。整粒大豆則用水浸漬。
2、 浸漬後進行蒸煮，69～90兆帕的壓力蒸煮0.5～1小時，然後蒸煮鍋內立即減壓，迅速冷卻至40℃左右。
3、 小麥精選之後焙炒並破碎、壓碎，其程度以將小麥碎成3～5粒並混有適量的粉末為宜。
4、 將蒸煮的脫脂大豆和破碎的小麥，按大致相同的容量進行混合。接種曲菌進行制曲。
5、 將波美19°(含食鹽23%)的食鹽水放入罐中，再加入制好的曲菌進行發酵。加入的鹽水量為脫脂大豆和小麥容量總和的1.2～1.3倍(稱12～13的水發酵)。將曲子放入食鹽水中發酵後的物質稱為醬醪。發酵後每天應送入壓縮空氣進行攪拌。最初曲子浮於食鹽水面而不溶解，但不久就成為粘稠狀態。
6、 壹般需1年的成熟期。通過夏季發酵，色澤加深，稱為成熟醬醪。成熟中原料的各種成分，因曲子的酶和繁殖起來的 Zygosaccharomyces mayor 和Soyac 等耐鹽性酵母、乳酸菌及其它細菌的作用而發生了變化。蛋白質水解成低級的縮氨酸和氨基酸，並還可進壹步分解。而澱粉則水解成糖。
7、 再通過微生物的作用將糖分解成酒精和乳酸、醋酸等有機酸。生成的酒精和有機酸，再進壹步分解成具有香氣的酯類，同時也改進了色澤。
8、 熟成的醬醪放入濾布或袋中壓榨出汁，所得的液體就是生醬油。靜置數日之後，所含渣滓沈降即可進行加熱殺菌。
為防止黴菌繁殖，可添加1%的乙醇。分離出生醬油，除去因加熱而產生的凝固物之後，即得到成品醬油。
新制法是以復合酶釀造，除了可以大大減少制程的發酵時間，並優化口感。