1、體型不同：目魚的體形是側扁；墨魚的體形是比較寬短，目魚的眼睛比較小，兩只眼睛都分布在頭的左側，墨魚的眼睛較大，兩只眼睛分布在頭兩側。
2、分布不同：目魚分布在朝鮮、日本、中國；而墨魚則是在高鹽溫暖的海洋裏生活，目魚的膚色白裏透著粉紅；墨魚在沒清洗之前是外面裹著壹層黑色的黏液。
3、棲息環境不同：目魚屬於近海大型底棲暖溫性動物，棲息於幹泥沙質海底，只做近距離洄遊。越冬場分布在渤海的中部和渤海海峽附近水深28迷左右，越冬期間的水溫在3.5-5.0℃範圍內。
墨魚喜棲息於遠海的海洋深水中生活。每年春暖季節由深海遊向淺水內灣進行產卵，4~6月間產卵粘附於海藻及其他物體上，9月下旬開始，當年孵化的幼體雙遊返南方越冬。
以上內容參考?百度百科-墨魚