苦瓜的莖葉起初主要受到枯萎病的危害，使莖葉出現灰棕色斑點，無法正常生長進行光合作用，使整株植物長勢越來越弱，最後侵入果實，使果實表面出現黃褐色斑點，最後慢慢腐爛脫落。
剪苦瓜的枝條時，會對苦瓜的莖、藤造成傷口，而傷口正是病菌最容易感染的地方。最好是早上露水幹了之後再修剪，用苦瓜莖葉流出來的汁液在陽光下自動修復傷口。播種後，苗床土壤表面幹燥堅硬，稱為土板結。這種情況阻礙了土壤中的氣體交換，阻礙了種子萌發時的呼吸作用，使種子難以鉆出地面，即出苗後子葉會變黃變弱。
苦瓜播種後要求保持土壤濕潤，幹旱缺水會影響種子發芽。保持濕度在60~70%左右有利於種子發芽，可以避免苦瓜種子不易出苗的現象。溫度不當會造成苦瓜生長不良。苦瓜喜溫，耐熱不耐寒。種子發芽適宜30-35℃。當溫度低於20℃時，發芽較慢，低於13℃難以發芽。在25℃左右，15天左右可育成苗。
瓜子的外殼皮厚而硬，表面蠟質。直播或育苗時，種子覆土的土層不同，有時會造成種子“幹枯”或種子在土壤中吸水不均，難以發芽。