水稻生長中後期，自身免疫系統減弱，抗病蟲害能力降低，導致病蟲害威脅增加。紋枯病是水稻生長中後期最常見的病害之壹。紋枯病是壹種真菌性病害，多發生在水稻分蘗後期至抽穗期。病害的侵染部位從原稻莖底部逐漸向其他部位蔓延，最嚴重的部位會蔓延到稻穗。當水稻根部出現深綠色漬水病斑，且病斑由小變大，水稻葉片死亡時，可判斷為感染了水稻紋枯病，應及時采取措施處理病害。
1.2稻瘟病
稻瘟病是水稻上最重要的病害之壹，具有高度的傳染性和擴散性。稻瘟病可通過空氣廣泛傳播，是壹種流行性水稻病害，也是水稻種植中農民最頭疼的問題。因為壹旦病害出現，會導致水稻減產，嚴重時可能造成糧食絕收，給種植者帶來巨大的經濟損失。
1.3水稻黑條矮縮病
近兩年來，該病已成為水稻上最重要的病害之壹。水稻生長期可感病，水稻苗期和分蘗期對該病敏感。發病越早，損失越大。如果病害發生在苗期，病株明顯不分蘗，嚴重矮化；分蘗期感病，分蘗增多並呈叢生狀，病株高節有倒須根和分枝；在苗期和分蘗期，大部分不能抽穗。有些主莖雖然還能抽穗，但大部分都有包穗，結實率降低。
1.4水稻螟蟲
水稻螟蟲又稱稻螟，是水稻生長中後期的主要害蟲之壹。中國南方這類害蟲的主要類型是二化螟和二化螟。這類害蟲主要出現在水稻剛抽穗至齊穗期。害蟲進入水稻莖稈內部吸收莖稈的營養，破壞莖稈的組織結構，使稻穗枯萎，出現白空，是嚴重影響水稻產量的害蟲之壹。
1.5稻縱卷葉螟
稻縱卷葉螟俗稱卷葉螟。幼蟲吃苞片內葉肉，離開表皮，形成長短不壹的白斑。如果後期受損，主要是劍葉以下的兩片營養葉，嚴重影響水稻植株的光合作用和養分積累運輸，導致籽粒不足，幹粒較多，造成減產。
1.6稻飛虱
稻飛虱也是水稻的主要害蟲之壹，近兩年特別嚴重，主要是褐飛虱和白背飛虱。昆蟲群體隱藏在稻株中下部吸食稻株汁液，具有明顯的危害中樞。嚴重時形成“窩”，以後逐漸擴大成塊。最嚴重的時候，整片田地荒蕪，損失嚴重。