白芍和赤芍入藥的部分是其根部。二者的不同之處，首先是顏色的區別。白芍的根部是白色的，幹燥後，仍舊雪白無暇，其表面的紋理較為細膩光滑；赤芍幹燥後顏色呈現出淺淺的紅褐色，尤其是邊緣位置，其紋理也比較清晰，有點像幹燥後的樹根。其次，白芍和赤芍的藥效是有很大的不同的。白芍可以強健心肌，增強人體的抵抗力。而赤芍則可以用來改善女性月經不調的癥狀，對於人體的壹些腫痛病癥，赤芍也是有很好的功效的。
白芍有著不同的炮制方法，炮制的方法不同，其功效和作用也就不同。炒制後的白芍養肝益血的功效極佳，是補血的上品，脾虛腹瀉的人也很適合服用白芍；酒制後的白芍活血祛瘀有奇效，適宜血虛之人服用；醋炒後的白芍養肝功效大增，止痛功效也很好。
赤芍搭配上川穹、紅花等中草藥，對於婦女閉經有很好的的功效，跌打損傷也適用。赤芍搭配金銀花、當歸等草藥，對腫痛之疾有奇效。總的來說，白芍和赤芍雖然只有壹字之差，可是藥效的差別還是很大的，所以使用之時壹定要多加註意，遵循醫生的指導。