西瓜種子的結構從外到內由種皮和胚組成。種皮堅硬，內部有膜狀內種皮。西瓜種子由種皮和胚組成。種皮堅硬，裏面有壹層膜狀的內種皮。胚由子葉和胚組成。子葉脂肪多，儲存大量營養。西瓜種子是扁平的，寬橢圓形或長方形，有喙和眼狀斑點。種皮表面光滑或有裂紋，有的有黑麻子或邊緣有黑點，分為臍點、縫點和全褐斑。
種子的分類
西瓜品種按種子大小可分為大籽品種和小籽品種。我國傳統地方品種多為大粒品種，種子千粒重在77-105g之間；東亞生態地理品種的種子多為小粒品種，種子的千粒重在33.5 ~ 55g之間；各地籽瓜(甜瓜)品種的種子最大，千粒重可達250g g以上。