肝癌患者大多在右肋區或劍突下(右上腹)疼痛。疼痛的性質是間歇性或持續性鈍痛、隱痛或刺痛。疼痛前壹段時間，患者可能會感到右上腹不適。疼痛可以在短時間內自行緩解。位於左葉的腫瘤常引起中上腹疼痛；腫瘤位於右葉，疼痛在右四分之壹肋骨；當腫瘤累及膈肌時，疼痛放射至右肩或背部，容易被誤認為肩關節炎；當腫瘤位於右葉後段時，有時可引起腰痛；腫瘤位於深部肝實質的患者壹般感覺不到疼痛。
疼痛的主要原因是腫瘤生長迅速，壓迫肝包膜，產生牽拉痛，所以腫瘤離肝表面越近，疼痛癥狀就會越明顯。如果是突然疼痛或疼痛突然加重，要考慮肝癌破裂出血的可能。