如果長期飲用，可能會引起腹瀉、腹痛等不適。所以臨床上需要根據實際情況來判斷是否可以飲用。如果經常容易上火，眼睛幹澀難受，可以在醫生的指導下喝菊花茶清肝明目，但不能天天喝，以免感冒傷胃，導致腹瀉、腹痛等不適癥狀。如果是平時怕冷，手腳冰涼的人，就應該禁止喝酒，以免加重病情。此外，生理期的女性也應禁止飲酒，以免引起痛經、經期延長等不適。
長期喝菊花茶有害。中醫認為菊花味苦性寒，有清熱解毒、疏肝解郁、瀉火明目的功效。長期使用有以下危害:對於寒性體質的人，如手腳冰涼、腹痛等癥狀，長期使用會損傷體內的陽氣，加重病情；會導致肝腎功能損傷。實驗室顯示肝酶升高，常伴有面色發黃、下肢疼痛等癥狀。建議使用菊花時壹定要有明確的適應癥，如因風火失調或痰熱蘊結所致的咽喉腫痛、牙痛、舌痛或目赤腫痛等。
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