養殖過程中要求水質“淺綠”“清爽”。養殖水中要有適量的藍綠藻，可以起到遮光、增氧、穩定水質的作用。有時水質稀薄渾濁，或者浮遊動物大量繁殖，會破壞水質，使藻類無法正常生長；有時水體中藻類很少，使水體變薄，會影響鰻魚的攝食和生長。此時可采用“引進”和施肥的方法，同時將保水王(光合細菌)2-3×10-6在陽光下活化1-2小時，然後灑在整個池塘中，可促進藻類快速繁殖。使用滅藻劑後，水質容易因藻類死亡而發生變化，需要註意增氧和調節水質。？
池水的各項指標，如溶解氧、氨氮、亞硝酸鹽、ph值等。，都是經常檢測的，水質分析盒可以用來簡單的測定。如果溶解氧不足，就要增加曝氣機的數量和時間，更換淡水或應用增氧機，使水體保持充足的溶解氧。氨氮高時可用保水王2-3×10-6或益池寶0.2-0.35×10-6全池噴灑。這些微生物菌劑使用安全，能快速分解水中有機物，降低氨氮。亞硝酸鹽含量高，使用反硝化細菌制劑可以快速降低亞硝酸鹽含量。
始終保持良好的水質環境，鰻鱺正常進食，減少疾病的發生，生長迅速，否則鰻鱺進食差，患多種疾病，生長緩慢，飼料系數高。堅持使用微生物制劑是保持良好水質最有效的方法，安全、實用，符合環保、健康、無公害水產養殖的發展趨勢。？