黃瓜的苦味是因為瓜中含有壹種苦味物質。苦味素多存在於靠近果柄的肩部，但尖端較少，所以黃瓜的根部往往更苦。這種苦味具有品種的遺傳性，所以苦味的存在和嚴重程度往往因品種而異。壹般深綠色葉的品種比淺色葉的品種更容易出現苦瓜。同時，生態條件、植物的營養狀況、生命力等都影響苦味的發生，所以即使是同壹株植物上的瓜也有不同程度的苦味，根瓜往往更苦。
苦瓜容易出現在以下情況:
壹是水肥不足。特別是從種植到收獲期間，植株中的水分含量過低，液體細胞中的汁液濃度高，相對的印防己毒素含量增加。
第二，光線不足。光照不足時，植物的光合能力弱，光合產物少，導致植物營養不良，生長弱，容易形成和積累印防己毒素。
第三是低溫。在低溫低日照期間，尤其是陰天，黃瓜的根系長勢不好。根系受損或活動受阻時，吸收的水分和養分較少，導致瓜條生長緩慢，下部瓜體內積累較多的印防己毒素。
第四是高溫。早春大棚黃瓜進入生長後期，由於溫度過高，或由於植株根系老化，或由於土壤濕度大，根系吸收功能減弱，夜間溫度過高，瓜條生長緩慢，瓜條中會積累更多的苦味元素；
第五，過量施用氮肥。底肥和追肥中氮素營養過剩，壹方面容易增加黃瓜中的印防己毒素濃度，另壹方面，氮素過多容易導致植株白白生長，瓜坐不規則時，側枝和弱枝上的瓜容易產生苦味。
六、中耕傷根易結苦瓜。初春時，為了提高地溫，經常進行中耕。有時忽視了根系的不斷伸長，中耕傷根較多，使根系吸收養分的能力下降，植株營養狀況較差，導致黃瓜品質下降。