在具備食用菌生產設備的單位或個人，均可自行進行北蟲草母種的分離培養。先配制最常用的綜合馬鈴薯、葡萄糖、瓊脂培養基。具體做法為：取去皮馬鈴薯200克，切成小塊，加水1000毫升，煮沸20分鐘，濾除渣取汁液於鍋中。爾後加入20克瓊脂溶化，再加入20克葡萄糖，磷酸二氫鉀1克，硫酸鎂0.5克。並攪拌均勻，並繼續加熱至瓊脂完全熔化，最後補足水分至1000毫升。
培養基做好後，趁熱分裝試管。裝量為試管長度的1/3～1/4。分裝完後塞上棉塞，每7～10支捆成壹捆，上包牛皮紙防潮並進行高壓蒸氣濕熱滅菌（用1.05千克/厘米，121℃半小時），待壓力降到0時，打開排氣閥排出殘留蒸氣，取出試管及其他消毒物品，並趁熱把試管擺成斜面，斜面長度為試管長度的1/3到1/2。
選擇采集生長健壯，尚未散發孢子的北蟲草，用清水輕輕沖洗外表至基本幹凈。用消毒刀片切取子實體上半部為2毫米左右見方小塊，於75%酒精溶液中消毒2秒鐘。再以0.1%升汞液消毒20～30秒，無菌水沖洗3次。置試管斜面培養基上20℃培養。也可取蟲體，以0.1%升汞消毒1～3分鐘，用無菌水沖洗蟲體上殘余升汞液後，用解剖刀在無菌條件下切去蟲體外層。為防止蟲體內細菌幹擾，可用50微克/毫升的鏈黴素或青黴素浸沾蟲體，然後切成綠豆大小組織放置斜面培養基上。在20℃溫箱中培養。10天左右斜面上生成白色菌落，並有淺黃色色素產生則為北蟲草菌絲體。但其性能是否可靠，還需將它們接種於米飯培養基上，在18～20℃進壹步培養觀察，純化。選前期匍匐型菌絲量多，後期出草量多的菌種確定為母種。
如菌種生產經驗不足或設備條件不具備，可向有關北蟲草生產廠家或菌種生產、科研單位購買、引進。