劇情壹開始，妳會先看到落落長的片頭動畫，還有個老伯在講解。基本上片頭動畫算是前情提要，試圖把前幾代的劇情很快的向沒玩過前幾代的新玩家交代完畢，由於有中文字幕，所以影片的內容也不必贅述，但是真的沒玩過前幾代的朋友，恐怕看完了片頭以後只會壹頭霧水，所以為了?再嫩也會玩?的目標，以下先簡單介紹壹下刺客信條系列的世界觀(至於老鳥這段就可跳過了)。
在刺客信條的世界觀中，歷史上，有兩個組織壹直不斷的互相對抗，其中之壹就是片頭中以紅十字為徽記的?聖殿騎士團?，英文發音?甜不辣?……添樸喇，這群聖殿騎士團是故事中的反派，他們總是想要壟斷、洗腦、催眠、控制人心，以達成?和諧?的世界。
另外壹群人，就是歷代主角們所屬的?刺客?，刺客追求全人類的自由，像聖殿騎士團這種老是想控制別人的家夥，是他們所要暗殺、打倒的對象。
這兩個組織從古代壹直纏鬥到現代，聖殿騎士團到了現代，開了壹家?阿不死的狗(Abstergo)?的科技公司作為掩護，進行他們的邪惡勾當，?阿不死的狗?發明了壹種機器，叫?阿泥馬(Animus)?，專門用來追蹤?DNA記憶?，想要借此找到?伊甸的碎片?。
所謂伊甸的碎片，是壹個神器碎裂開來以後的許多碎片，其中最主要的是聖經伊甸園故事中的?伊甸的蘋果?，具有催眠、操控人心的超自然力量，想?和諧?全世界的聖殿騎士團當然最想要這種神器了。
所謂DNA記憶，就是妳的祖先所幹過的事，都會記錄在DNA之中代代相傳，為了找到?伊甸的碎片?，聖殿騎士團鎖定壹個在歷史上與?伊甸的碎片?有關系的刺客──十字軍東征時代的傳奇刺客阿泰爾──找出他在現代的後代子孫，綁架他們，然後放進?阿泥馬?，想從他們身上榨出相關資訊。
我們的主角，老玩家們人稱?呆子蒙?的戴斯蒙?邁爾斯──片頭影片中本來在喝酒，卻被綁走放到奇怪機器(就是?阿泥馬?)上的那個──就因此在刺客信條壹代被聖殿騎士團綁架去了。
在?阿泥馬?中，呆子蒙和祖先阿泰爾同步，重新經歷過阿泰爾的冒險過程，逐步搜集資訊，因為阿泰爾很厲害，當玩家做出太遜的事，譬如說壹直挨扁，或是很笨的摔到掛，同步就會失敗，所以遊戲中，被?打死?的時候，會跟妳說是?同步失敗?。
在壹代的最後，呆子蒙同步到看到?伊甸的碎片?分布在地球上的位置投影，此時聖殿騎士團的邪惡企業?阿不死的狗?已經得到所需的資訊，就把他從?阿泥馬?拉出來，打算殺了他滅口，但女科學家露西(Lucy Stillman)卻救了他，原來露西是刺客組織潛入?阿不死的狗?的間諜。
露西帶他去見兩位刺客組織的人，壹位是歷史專家肖恩?海斯汀(Shaun Hastings)，壹位是電腦專家麗貝卡?克琳(Rebecca Crane)，他們兩人協力打造了刺客組織版本的?阿泥馬?，叫?阿泥馬2.0?，這次他們要呆子蒙同步他的另壹位祖先，十五世紀義大利的傳奇刺客艾吉歐，這就開啟了二代的故事。
刺客信條2
當呆子蒙同步艾吉歐的冒險歷程到最後，打倒了聖殿騎士團頭頭，也就是那時的教宗，並搶回了?伊甸的蘋果?，艾吉歐發現教宗的十字架，也是伊甸碎片的壹部分，稱之為?鑰杖?，結合了?蘋果?和?鑰杖?以後，他進入壹間神秘的密室，裏頭是外星結構，有個外星女人的投影自稱密涅瓦，即羅馬神話中的智慧女神與女戰神(常譯為米奈娃)──她在希臘神話中的名字我們更熟悉，就是大名鼎鼎的雅典娜──密涅瓦表示自己身為先進古代超文明，講了壹些文明多先進、歷史多悠久之類的屁話，總之她警告呆子蒙2012年會有毀滅全球的大災難。
就在這時，?阿不死的狗?找到他們，攻了進來，呆子蒙壹行人只好逃走，逃亡的過程中，露西發現地球的磁場有漏洞，要知道太陽常常會放射強力輻射性的太陽風，都是地球的磁場擋住，在磁場較弱的南北極，我們會看到極光，就是太陽風打在大氣層上所發出的，露西預測太陽將要發出強大的閃焰，要是地球的磁場有漏洞，那全人類都會被太陽風給烤死，露西認為那就是米諾娃所預言的大災難。
刺客信條：兄弟會
為了阻止大災難，只好再讓呆子蒙去同步艾吉歐，這就是?刺客信條：兄弟會?的劇情，最後終於找到
古代神殿的所在地，當壹行人進入神殿時，呆子蒙見到了另壹個古代超文明女人，自稱朱諾，即羅馬神話中的天後──在希臘神話中，她叫希拉，是宙斯的妹妹與妻子，十分善妒──朱諾又講了壹大堆人類多無知之類的屁話，話講到壹半時，突然看露西不順眼，說這女的不允許跟呆子蒙壹起進入神殿大門，於是就控制呆子蒙，把可憐的露西給壹刀戳死了……
呆子蒙自己也陷入了昏迷與神智錯亂，為了拯救他，其他夥伴帶他去找他爸，威廉?邁爾斯，也就是片頭動畫中說話的那個人，老玩家們匿稱他為?呆子爸?，呆子爸把呆子蒙又放進?阿泥馬?，在其中，上壹個使用?阿泥馬?的人──受試者16號，他人已經死了，不過留下精神在?阿泥馬?裏面──告訴呆子蒙，如果要復蘇，就得把阿泰爾和艾吉歐兩個祖先的故事都同步完成。
刺客信條：啟示錄
於是呆子蒙又繼續艾吉歐的冒險，這就是?刺客信條：啟示錄?的劇情，艾吉歐發現了阿泰爾的密室，不過要打開的話，要找到五個碟狀的?鑰匙?，艾吉歐在君士坦丁堡冒險最後終於收齊鑰匙，才發現原來阿泰爾把?蘋果?和第六把鑰匙藏在裏頭，這時又有古代超文明人出現了，他自稱是朱比特，也就是羅馬神話的主神──希臘神話中的宙斯──他告訴呆子蒙說，他們是?第壹文明?，當時為了阻止太陽閃焰災難，他們建造了很多寶庫，把研究資料傳送到壹個中央寶庫去，不過當年他們研究的辦法沒壹個有用，所以第壹文明就被摧毀了，朱比特告訴呆子蒙中央寶庫的位置，原來是在美國的新英格蘭地區(美國的東北部)。
接下來就繼續回到三代的片頭。為了要阻止太陽閃焰世界末日，所以呆子蒙就和呆子爸、肖恩、麗貝卡，四個人開車到那個中央寶庫的位置。
片頭動畫完，緊接著就是壹行人開車抵達，妳會看到四個人下車搬東西，這四個人之中，有胡子的就是呆子爸，女生就是麗貝卡，妳可以控制的角色就是呆子蒙，剩下那個就是肖恩，簡單明了吧？
除了呆子蒙以外，其他人包括呆子爸在內都辛苦的扛著器材，呆子蒙真是有夠不孝的。他們三人會扛著東西往眼前的壹個山洞走進去，妳可以在外頭亂晃，看看風景，但是沒有什麽特別的東西好撿的，也沒啥隱藏東西可看，所以不要白費力氣了。
這時妳只能走路，其他什麽事都不能做，也不能快走或快跑，用左搖桿可控制往哪邊走，右搖桿則可控制視角──記得前壹篇寫的?反轉?嗎？如果妳忘了在遊戲開始前調好，這時是叫不出選單的，所以忍耐壹下，等這段劇情跑完就可以用Start叫出選單來調整。
走到洞內，呆子爸和其他兩人正扛著器材?罰站?在壹道都是塗鴨的墻前面，那其實是壹道大門，不孝子呆子蒙大剌剌的走過他們身邊，然後用?蘋果?開了門。這時肖恩說了壹句?愛麗絲跳進洞裏?的話，那是出自知名童話故事《愛麗絲夢遊仙境》，愛麗絲跟著兔子進入兔子洞時的敘述，表示他們四個呆子也像愛麗絲壹樣什麽都不知道就闖進洞裏。
門後是個長階梯與斜坡，通往壹個大洞，呆子爸等人壹樣扛著器材，走到壹個地方停下來罰站，這時妳可以在洞內亂晃，不過壹樣沒啥東西可撿可看，所以就直接走向三人罰站處的前方，呆子蒙會再拿?蘋果?開門，前方陡坡下就出現壹個入口。
壹路滑下去以後，就可以開始快走跟快跑了，要快走請按住A，要快跑請按住右扳機鍵，妳也可以按Start叫出遊戲選單了，如果要改控制?反轉?與否，就現在改吧！
可以快跑以後就不要傻傻的慢慢走，壹直按住扳機鍵可以?自由奔跑?，遇到障礙物呆子蒙會自己跳過去，壹路快跑到底，就會再進入動畫，呆子蒙啟動遺跡，出現了壹道門，之後……
後面就知道了吧.....