1.通過使用凝膠切割器或凝膠墊等工具手動分離目標擴增帶，並將其引入PCR管中，用於進壹步的分析，如DNA純化或測序。
2.用聚丙烯酰胺凝膠代替瓊脂糖凝膠進行電泳，聚丙烯酰胺凝膠的分辨率更高，可以更好的分離DNA片段。在檢測到多個條帶後，通過在凝膠中切割它們來提取目標條帶。