湖州遠在原始社會晚期的新石器時代（距今約5000—5500年），已有人類聚居。
湖州建城至今已有2300多年歷史，是壹座歷史悠久的江南古城。
公元前334年，楚春申君黃歇徙封於此，在此築城，名“菇城”（以澤多菇草而名）。
公元前223年，秦改“菇城”為“烏程”，以烏巾、程林兩氏善釀得名。
公元266年（三國東吳孫皓寶鼎元年），始改“烏程”為吳興郡。
公元602年（隋仁壽二年），置州治，名湖州，因地濱太湖而名，湖州之名從此而始。
明、清時，設府治，壹直沿稱“湖州府”。
1912年（民國元年）廢湖州府，把烏程、歸安二縣合為吳興縣。
1949年4月27日，湖州解放，分設湖州市和吳興縣，至1983年曾幾度分合；湖州又是解放後浙江省第壹專區、嘉興專區和嘉興地區行政中心所在地。
1983年7月，撤地建市，撤銷嘉興地區，分設湖州、嘉興兩市，實行市管縣體制。湖州作為地級省轄市，下轄城、郊兩區和德清、長興、安吉三縣。1988年撤銷城、郊兩區建制，1993年又設城區、南潯、菱湖三區。
2003年1月，撤銷城區、南潯、菱湖三區，新設立吳興區、南潯區兩個市轄區。現湖州市行政區域轄兩區三縣。