1，不同物種
茯苓:茯苓是壹種真菌，屬於寄生真菌，常寄生在松樹根部。這種真菌的幹燥的菌核被用於傳統的中藥。
土茯苓:土茯苓為多年生常綠攀援灌木，根部有粗大的根莖，是土茯苓入藥的主要部位。
2、成分不同
茯苓:熱量、硫胺素、鈣、蛋白質、核黃素、鎂、脂肪、煙酸、鐵、碳水化合物、維生素C、錳、膳食纖維、維生素E、鋅、維生素A、膽固醇、銅、胡蘿蔔素、鉀、磷、視黃醇、鈉、硒。
土茯苓:根莖中含有皂苷、鞣質、樹脂、落新婦苷、異黃芪甲苷、琥珀酸、胡蘿蔔素、棕櫚酸、β-谷甾醇、生物堿、揮發油、糖、甾醇、澱粉等。
3.不同的效果
傅:性味甘、淡、平。心、肺、脾、腎經。利水滲濕，健脾寧心。可用於水腫、少尿、痰飲頭暈、脾虛食少、便溏腹瀉、焦慮、心悸、失眠。
土茯苓:味甘、淡、平。入肝、胃經。排毒、除濕、關節通順。梅毒、汞中毒引起的肢體攣縮、肌肉疼痛、濕熱絞痛、帶下、癰腫、淋巴結核、疥瘡。
4.不同的釀造方法
茯苓:取茯苓，浸泡，洗凈，濕潤，微蒸，及時去皮，切成片或厚片，曬幹。成品為白色。
土茯苓:如果不是切片，浸泡，清洗，充分濕潤，切片，幹燥。切面為白色至紅棕色，粉狀，具點狀維管束和多數小亮點。
5.不同的吃法
茯苓:茯苓含有大量的茯苓多糖、蛋白質和氨基酸，所以茯苓常被制成茯苓糕、茯苓酥、茯苓酒等食品。
土茯苓:土茯苓常用作中藥，很少用於食用，因為土茯苓有藥味，嚴重影響食用價值。吃法僅限於需要中藥氣味的菜肴，如土茯苓燉甲魚。
6、土茯苓價格
土茯苓具有很高的藥用價值。根據中醫理論，土茯苓具有除濕解毒的作用，可治療濕熱瘡毒、梅毒、淋證、帶下等。近年來，土茯苓的臨床研究和藥理試驗結果表明，土茯苓在抗癌、冠心病、動脈硬化等方面也有較好的療效。因此，土茯苓在中藥市場上需求量很大。
但由於近年來的持續開采，野生土茯苓形成了“挖的越來越少，越來越少，越來越貴，越來越貴，越挖越多”的循環，人工栽培和大規模生產至今未能實現，其不可持續利用的問題越來越嚴重，土茯苓價格日益緊俏。
90年代中期，土茯苓價格每公斤2~4元，收購量不多。隨著嚴重的過度采集，土茯苓的價格已經攀升到每公斤15~30元。