辣椒又叫冷害病、卡木病，發生在祠堂前期，不能實現育苗計劃，經常延誤生產。幼苗生病後，莖的下部會有很多黃綠色的鱗片。之後很快就會變成棕色，圍著樹幹轉。病變組織腐爛、幹燥、凹陷、收縮。這種水漬自下而上膨脹，導致花蕾落地。發病初期，只有苗床上的幾株幼苗發病，幾天後會逐漸向外蔓延，最終導致苗床坍塌死亡。濕度大時，瓶柱附近生長白色棉絮狀菌絲體。
辣椒冷害病是由瓜果真菌感染引起的，屬於鞭毛蟲亞科，病株附近生長的白色棉花是菌絲體。病原菌多為卵孢子，在土壤中越冬，在惡劣環境中度過。第二年春天，如果條件適宜，孢子囊會萌發並釋放遊動孢子，或直接產生芽管侵入寄主，或利用菌絲在病組織或腐殖質中過腐爛的生活。它具有很強的腐蝕性，可以在土壤中存活很長時間。農業肥料中的病菌在第二年春天在孢子囊中遊動，感染幼苗，導致幼苗突然生病。壹般病菌是通過雨水、灌溉水傳播的，化肥保存、移栽等農業活動也會傳播病菌。
影響冷害發生的主要因素是土壤溫度、濕度、光照和苗床管理水平。土壤含水量高，空氣潮濕，在30-36或8-9的溫度下適合細菌生長，但對幼苗發育不利，病害嚴重。矮化管理不當，往往為播種過密、淹水、保溫不當、長苗、受寒等病害提供條件。此外，施用低地、排水不暢、就地取土和未熟堆肥也容易發病。
使用營養缽、營養板、無土基質育苗，對降低發病率有效果。苗床應是地勢高、避風防曬、排水方便、土壤肥沃、透氣性好的無病地塊。為了防止苗床帶菌，應該施用腐爛的農家肥。播種前曬太陽可以提高種子的吸收和抗病能力。幹種子可以用25%指甲膏粉和濕粉70%人參鋅濕粉1500 ~ 2000次浸泡。用量為種子重量的0.4%。浸泡1.5 ~ 30分鐘後，用清水沖洗2 ~ 3次。曬幹或催芽後播種。幹種子中0.2% ~ 0.3%的70%紅松濕粉也可用於拌飯。這樣可以殺死種子攜帶的病菌，降低發病值。