臭豆腐當然不是用糞水泡的，而是用臭鹵水泡的。臭鹵水是由肉或者蔬菜發酵獲得，現代化工廠生產的臭鹵水是有微生物品質監控的，安全性比較有保證。不過，衛生條件不佳的小作坊制作的臭鹵水中則可能存在致病微生物，吃了不利健康。
臭豆腐，中國傳統特色小吃，在各地的制作方式、食用方法均有相當大的差異，有北方和南方的不同類型，臭豆腐在南方又稱臭幹子。其名雖俗氣、卻外陋內秀、平中見奇、源遠流長，是壹種極具特色的中華傳統小吃，古老而傳統，令人欲罷不能。制作材料有大豆、豆豉、純堿等。
在中國以及世界各地的制作方式和食用方式均存在地區上的差異，其味道也差異甚大，但具有“聞起來臭、吃起來香”的特點。南京、長沙的臭豆腐幹相當聞名，臺灣、浙江、上海、北京、武漢、玉林等地的臭豆腐也頗有名氣。
天津街頭多為南京臭豆腐，為灰白豆腐塊油炸成金黃色，臭味很淡。武漢街頭的臭豆腐多以“長沙臭豆腐”為招牌，但制作方式並不相同，是用鐵板澆油煎，中不空並且為淡黃色。吃臭豆腐有壹定的好處。臭豆腐經發酵後合成了大量的維生素B12，這種物質能防止惡性貧血，防止大腦神經受到破壞。
且臭豆腐中富含植物性乳酸菌，對調節腸道及健胃有好處。臭豆腐的制作過程中易受到肉毒桿菌的汙染，使人體神經系統遭到破壞，出現頭暈、呼吸困難、全身乏力等癥狀。此外，臭豆腐都需油炸，反復使用的油含有致癌物，人長期食用油炸臭豆腐也有致癌風險。
臭豆腐聞著臭吃著香是微生物發酵的結果。豆腐中的蛋白質被微生物分解會生成有鮮味的多肽和氨基酸，這是吃起來香的原因;還會產生壹些氨和硫化物，所以聞起來臭。此外，還有壹些易揮發的醚、醇類的成分，也會讓氣味變得濃郁有層次。
自制臭豆腐有安全風險。自制臭豆腐對豆腐發酵過程中的微生物難以掌控，也容易受到肉毒桿菌的汙染，且某些地區的氣候條件並不適合自制臭豆腐，所以最好購買正規廠家生產的臭豆腐。