水稻的谷粒在植物學上稱為穎果，習慣上稱為種子，從外到內依次包括穎殼、果皮、種皮、糊粉層、胚乳和胚幾個部分。
水稻種子外面為穎（稻殼）所包圍。穎又分為內穎和外穎，外穎較大，內穎較小，兩者的緣部互相勾合，是糙米的保護結構，有些品種在外穎上還著生或長或短的芒，芒的有無、長短和色澤也因品種而異，是鑒定水稻品種的依據之壹。
谷粒剝掉穎殼後就是糙米，糙米可分為果種皮、胚乳和胚三個部分，其中果種皮的表面為果皮，系子房壁發育而來，果皮裏面是由子房珠被發育而成的壹層極薄的種皮，其內部為胚乳組織。
胚乳外層為糊粉層。糙米重量的98%是胚乳，胚乳含有豐富的澱粉和少量的蛋白質、脂肪等，是人類食用的主要部分，也是水稻種子發芽和秧苗生長初期的營養來源。
胚的體積約占谷粒的3%，當胚受到損傷，稻種便不能萌發。胚主要由盾片、胚芽、胚軸和胚根四部分組成，是發育成幼苗的雛體。種子發芽時，胚根向下生長發育成種子根，胚芽向上生長發育成秧苗的地上部分。
穎殼、果種皮、糊粉層和胚，在加工大米時，尤其是加工精米時將全部被碾去。