冰箱的溫度相對較低，可以在壹定程度上抑制細菌、黴菌等微生物繁殖。
但是若珍珠奶茶敞口放置，或者密封性較差，也有可能導致少量的細菌、黴菌進入到珍珠奶茶中大量繁殖，導致珍珠奶茶變質。此時若繼續喝，這些微生物可能會通過口腔進入消化道，對胃腸道產生刺激，引發腹痛、腹瀉等癥狀，嚴重時也會誘發急性胃腸炎。
壹般建議珍珠奶茶放在冰箱的冷藏室裏密封保存，雖然冷凍室溫度更低，但放到第二天可能會影響奶茶的口感、營養價值等。
此外，珍珠奶茶當中含有大量的糖分、脂肪等，大量喝珍珠奶茶可能會導致機體攝入過多熱量，熱量堆積後會形成脂肪在體內囤積，導致體重增加。建議肥胖或者是對身材要求比較高的人，盡量避免過量飲用珍珠奶茶。