燕窩中的主要營養成分是蛋白質，含有1種必需氨基酸(賴氨酸)和3種條件必需氨基酸，而人體需要8種必需氨基酸和13種條件必需氨基酸。
燕窩富含氨基酸，如苯丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、酪氨酸、精氨酸等。燕窩水解氨基酸含量為42.272%，必需氨基酸含量占氨基酸總量的42%。同時具有鮮味的氨基酸(天冬氨酸和谷氨酸)和香味的氨基酸(酪氨酸和苯丙氨酸)含量較高，說明燕窩味道鮮美。食物的營養價值主要取決於所含氨基酸的種類、數量和比例。
食用雨燕的巢