1，分類不同:旗魚屬於箭魚科，刀魚屬於箭魚科。
2.形狀不同:旗魚吻部長而扁，呈劍形，上顎橫切面扁平，邊緣鋒利，體表光滑無鱗，背鰭小，類似魚翅；旗魚的吻部短，呈圓錐形或劍形，上顎橫切面呈圓形，邊緣鈍圓，體表呈梳狀，背鰭高，類似船帆。
3.體型和體重不同:旗魚壹般體長3-5米，體重650斤；旗魚壹般長1~3米，重10~90公斤。
4.食性不同:箭魚和箭魚是肉食性魚類，箭魚以魚類、甲殼類和頭足類為食，箭魚主要以魚類為食。