40倍顯微鏡下可以看到細菌，但沒有100倍油鏡清晰。實驗壹般用油鏡。
除了顯微鏡，還可以觀察菌落。酵母菌菌落壹般較大較圓，多為白色，很少紅色或黃色。表面濕潤，有酒香；細菌菌落壹般較小，顏色多樣，壹般有酸味。
在顯微鏡下觀察，酵母往往明顯比細菌大，也有細胞核，有些物種還具有液泡等結構。