醋栗番茄自然中發展出自交，然後被印第安人發現並留下，第壹次馴化便在此時開始。第壹次馴化的代表性品種，是櫻桃番茄（小番茄）。
在第二次有意馴化、育種之下，番茄的個頭開始變大、心室變多，越來越接近我們現在食用的番茄。科學進步帶來“第三次馴化”，自2012年番茄基因組公布以來，番茄品種改良、大小、重量、顏色，都不斷有新的培育品種，在抗病、抗寒抗旱方面也壹直在進步。