雖然酒曲保質期很長，但是存放5年的酒曲會滋生大量細菌，如果連續使用，食用後會產生有害物質，對人體健康有害，所以酒曲5年不能使用。
甜味酒曲用於調味發酵，主要是利用甜味酒曲中根黴的強糖化性能。比如在醬料的生產中，以澱粉和蛋白質原料為主要原料，根黴屬菌株產生的糖化黴菌和蛋白酶系在生產過程中起主要作用，通過糖化將澱粉分解成糖。