花甲也有不可食用的部分，比如它的殼和腸腺。花甲殼素比較硬，含有大量的碳酸鹽，人體很難消化吸收，所以不建議食用，而腸腺含有未消化的食物殘渣，可能還有重金屬殘留，所以這個地方不能吃。
清洗花甲時，可以先將外殼清洗幹凈，然後搖動，在鐵盆中倒入適量的水，加鹽，攪拌均勻，然後將花甲在鐵盆中浸泡壹會兒，再上下搖動，即可將花甲清洗幹凈。
吃之前最好把花甲焯壹下，這樣可以讓花甲味道更好。在熱燙的過程中，花殼的外殼會慢慢打開，把花殼撈出來，用水洗幹凈，就可以吃了。
需要註意的是，雖然花甲在吃之前需要焯壹下，但是也不能焯太久，否則花甲的味道會變老，所以煮花甲會變得有點難吃。