磷蝦油中所含的Dha和epa與魚油功能相似，功效很弱。磷蝦油中真正起到保健作用的是其中所含的微量蝦青素，通常每粒約幾微克；蝦青素的作用更明顯，更直接。主要通過抗氧化對心腦血管疾病、眼睛、皮膚發揮其綜合保健作用，尤其是對眼睛和心腦血管疾病。壹般情況下，中老年人服用蝦青素效果更好。壹方面，目前蝦青素產品中的蝦青素(每丸4-12 mg不等)比磷蝦油中的多(只有幾微克)。另壹方面，保健品主要是通過抗氧化來發揮其保健功效，蝦青素是目前最強的抗氧化劑，效果更加明顯。
此外，兩種產品的安全性也有所不同:磷蝦油來自海洋中的磷蝦，其中含有壹定的過敏原，不建議糖尿病患者和通氣患者使用。蝦青素的來源是雨生紅球藻，淡水養殖的雨生紅球藻提取的蝦青素在這方面沒有禁忌，安全性更好。