加水加熱融化，裝梳齒，適當溫度下加入顯色劑(或完成電泳染色)，倒膠板。
以下是瓊脂糖凝膠電泳的操作:
1選擇合適的臥式電泳槽，將電泳槽平面調整為水平。檢查穩壓電源與正負極之間的接線；
2.選擇合適孔徑的點樣梳，垂直立在電泳模具的壹端，使點樣梳底部與電泳模具底部的距離為1.0mm；；
3.根據待分離的DNA配制相應濃度的瓊脂糖，在100℃水浴中加熱至瓊脂糖熔化均勻；
4.用吸管取少量瓊脂糖凝膠溶液，密封電泳凝膠模具周邊，防止瓊脂糖凝膠板澆水時滲透。瓊脂糖凝膠冷卻至50℃左右時，加入6μl核酸染料，搖勻，輕輕倒入電泳凝膠模具中。瓊脂糖凝膠厚度為3 ~ 5 mm，倒膠時要避免氣泡。如果有氣泡，用吸管仔細吸。
5瓊脂糖凝膠固化後，室溫放置20min，小心拔出樣品梳和電泳凝膠模具兩端的擋板，保持樣品孔完好；
6.將電泳凝膠模具放入電泳槽中，加入電泳緩沖液，使電泳緩沖液液面高於瓊脂糖凝膠表面1 ~ 2mm。如果取樣孔內有氣泡，用吸管小心吸出，以免影響取樣；
7將10μl DNA樣品與2μl溴酚藍指示劑斑點緩沖液混合。上樣緩沖液不僅可以提高樣品的密度，使樣品均勻沈入樣品孔，還可以使樣品著色，便於上樣、估算電泳時間和判斷電泳位置。
8用微量移液器小心地將樣品加入到加樣孔中，並記錄樣品的取樣順序；
9.蓋上電泳槽，打開電源開關，最大電壓不超過5V/cm (100 ~ 150V恒壓電泳)，使DNA從負極移動到正極；
10的電泳時間因實驗的具體要求而異。電泳壹般需要1 ~ 3小時。電泳結束後，關閉電源，用壹次性塑料手套取出凝膠，盡可能排幹所有電泳緩沖液，在波長為254nm的透射紫外燈下觀察。