第壹，性質不同
1.無公害農產品:無公害農產品是指生產環境、生產工藝和產品質量符合國家有關標準和規範要求，經認證並獲準使用無公害農產品標誌後，取得認證證書的未經加工或初加工的食用農產品。
2.綠色食品:綠色食品是指按照可持續發展的原則生產的、經專門機構批準的無汙染、安全、優質、營養的食品。
3.有機食品:有機食品是指來源於有機農業生產體系，按照有機農業生產要求和相應標準進行生產加工，並經合法、獨立的有機食品認證機構認證的農副產品及其加工品。
第二，質量標準不同
1.無公害農產品:無公害農產品的質量標準參照國內壹般食品衛生標準。
2.綠色食品:綠色食品的質量標準參照聯合國糧農組織和世衛組織的標準。
3.有機食品:有機食品的質量標準參照歐盟和國際有機運動聯盟(1POAM)的有機農業和產品加工基本標準。
第三，制作不同
1.無公害農產品:無公害農產品的生產必須在良好的生態環境下，遵守無公害農產品技術規程，科學合理使用化學化合物。
2.綠色食品:綠色食品生產是傳統農業技術和現代常規農業技術的結合。
3.有機食品:有機食品生產必須采用有機生產方式，絕對禁止使用農藥、化學色素、防腐劑等化學物質，不使用基因工程技術。