西葫蘆病毒病危害時間長，從苗期到成株期均可侵染。苗期幼苗易感病害，葉片出現綠斑和葉脈，植株矮化。嚴重者葉片變形如雞爪，葉片青綠起皺，出現蕨葉。及時防治蚜蟲和線蟲:蚜蟲苗床應立即噴藥滅殺，這樣可以用藥物種植。另外，及時清理田地，鏟除雜草，可以減輕病害。
西葫蘆霜黴病的病原體，孢子會隨著氣流傳播而形成入侵。發病後，孢子會漂移擴散。高溫高濕環境有利於霜黴病的發生。在高濕度條件下，在20到24度之間發病最快。病菌會長期潛伏在西葫蘆的栽培中，通常隨著溫度和季節的變化而休眠。當溫度適宜時，病菌會迅速侵入西葫蘆的植株，應盡早使用藥物進行預防。在病害發生前，可在葉面噴施氨基寡糖素，誘導和激發作物的抗病因子，增強抗逆性和抗病能力。發病初期可使用烯基磷酸鋁、聯二脲錳鋅、甲磺隆。
嫁接後，空氣的相對濕度保持在85%至90%以上。開始小通風需要壹周，開始大通風至少十天。西葫蘆嫁接接口完全恢復生長後，取下嫁接夾。只有提高植物本身的抵抗力，病毒病造成的損失才會更輕。目前市場上流通的抗病性較強的品種有早玉、金珊瑚、碧玉、東玉等。