首先，養殖成本高，水蛭從購買種苗到培育成品。整個過程需要大量的投入，尤其是水蛭苗的價格這幾年也在上漲。目前水蛭種苗的價格基本達到了成品市場價的壹半，這對於剛踏入新養殖的養殖戶來說，需要很大的勇氣。特別是沒有經驗的養殖規模很難擴大，投入成本會更好。水蛭的養殖需要很高的技術，壹旦失敗就可能面臨損失。
近年來，水蛭的藥用價格被鼓吹得太高，最終導致水蛭價格上漲。這背後的風險對養殖戶來說更大，很有可能水蛭價格壹下子暴跌，最終導致養殖戶血本無歸。目前我國水蛭養殖還處於研究階段，技術基本上還不夠成熟，壹般養殖技術很難有所突破。目前水蛭的高價也說明了市場上水蛭的存量大，養殖難度大。
水蛭對水質要求很高。壹旦水質汙染到壹定程度，水蛭可能全部死亡。目前國內的水蛭養殖都是在摸索中成長，水蛭和其他特色養殖壹樣對未來充滿不確定性。水蛭的價格是市場擡高的，也可能瞬間被市場拋棄。水蛭的價格也含有很多水分，很多養殖戶嘗試後選擇放棄。
無論如何，農民現在很少接觸水蛭養殖。近年來，水蛭因為種類和規格不同，價格差異很大。有些品質好的水蛭可以賣到幾千元壹斤，但有些不看好的水蛭只能賣到壹兩百壹斤，成本很難收回。這也是農民不願意養殖水蛭的原因。