黃芩擅長治療肺熱咳嗽、高熱、吐血鼻衄、頭痛、鼻竇炎，如用知母、桑白皮、荷葉、金銀花、連翹、桔梗、橘核治療肺熱咳嗽。石膏、梔子、大黃、生地等。用於治療鼻衄和血熱斑，蒼耳、知母、木槿花、桑白皮和赤芍用於治療鼻竇炎。配伍夏枯草、鉤藤、菊花等。，可治療肝炎引起的頭暈目眩、紅腫疼痛、心煩意亂、頭暈目眩。
黃連在臨床上常用於治療濕熱泄瀉、高熱、昏迷、吐血、鼻衄、心滿、胃火過盛、牙齦腫痛、口舌生瘡。如常與連翹、厚樸、枳實、梔子等配伍，用於治療胃腸實熱、胃火上炎所致的胃脘嘈雜、牙齦腫痛、胃脘痛、口舌生瘡等。常與吳茱萸同用，治肝火引起的脅肋腫痛、口苦、泛酸。治心火過盛所致的胸悶、心痛、不眠之夜，常與瓜蔞、半夏等藥同用。現代醫學研究證明，黃連中含有黃連堿、粉防己堿、甲基黃連堿、木蘭堿等物質，對葡萄球菌、鏈球菌、肺炎球菌、痢疾球菌、霍亂弧菌等有較強的抗菌作用。所以黃連還是很好的抗菌消炎藥物。
黃柏為柏樹的內皮，臨床上主要用於治療濕熱下註、淋病、痢疾、尿帶下、骨蒸夢遺等疾病。如治濕熱下註所致尿路感染，常與木香、黃連、馬齒莧、白頭翁、秦皮同用。常與梔子、大黃、龍膽草、木通、瞿麥、當歸配伍。治血尿，常與小薊、地榆、白茅根同用。婦女帶下者，常與車前子、芡實、蒼術同用。
雖然黃芩、黃連、黃柏都屬於清熱降火的範疇，但黃芩傾向於清上焦火，黃連傾向於清中焦火，黃柏傾向於清下焦火。根據各自的特點，臨床上心炎、肺火病例常先用黃芩，胃炎病例常用黃連，大腸、膀胱濕熱上火病例可用黃柏治療。