幼樹期間修剪主要是為了促進檸檬樹幼樹的生長。壹般尚未結果的檸檬樹的修剪屬於幼樹修剪的範疇。在這個階段，檸檬樹的枝條又長又亂，所以壹般來說要保留主枝，選擇不同層次的枝條，修剪多余的枝條。其次，在保留分級枝的時候，我們都需要控制好它們之間的距離，不能太近，同時要保持良好的樹形。
2.第壹果期修剪
檸檬樹初果期的果實產量不是很高，要註意其生長結果，同時控制樹冠的通透性。其次，要修剪掉長得太長或徒勞無功的枝葉，以維護樹冠。還有就是按照弱化保留力度的原則進行合理的修剪，最好通過懸掛或支撐來控制枝間距。
3.盛果期修剪
盛果期也是檸檬樹最旺盛的時候，所以為了提高檸檬的產量和品質，我們也可以通過修剪枝葉來達到這個目的。修剪時要盡量使樹和檸檬生長均勻，合理修剪壹些結果枝，避免養分的消耗。其次，根據檸檬的果實產量，合理修剪新枝。當然，在某些部位要留有壹定的空間，這樣才能保證充足的光線。最後，還有交叉過多或生長過密的樹枝，我們也需要修剪。
4.衰退中的修剪
壹般在盛果期結束後，檸檬樹的心理功能逐漸衰退，導致母枝的結果功能減弱。如果不修剪，檸檬的產量會嚴重減少。壹般來說，要對老化的結果枝進行修剪，保持母枝做好結果的準備，盡可能促進新枝的生長。壹般來說，除了頂枝外，其他相對較弱的枝條都可以修剪，然後配合施肥，促進枝葉生長，從而提高檸檬的產量。