關於蘋果和梨的分類地位，多年來壹直存在分歧。從形態上看，蘋果梨具有白梨的壹些特征，如黃綠色的話，貯藏後呈黃色，陽膜上有紅色暈圈，葉片尖細，新梢橙紅色等。同時具有沙梨的壹些特征，如扁圓形，萼片脫落或宿存，葉片多為橢圓形。因此，蒲(1959)、於德勛(1979)、(1988)等人在其著作中將蘋果梨歸為沙梨系統，主要依據是蘋果梨與沙梨系統有關，如認為蘋果梨與其果形、耐貯性及其自然授粉雜交後代的分色有關。後來，蒲(1988，1989)、吳更民(1984)等人將其歸為系。其中，蒲等人主要是基於蘋果梨雖與沙梨系統有親緣關系，但其果實形態特征與系統相似，故將其歸為系統。據古墨介紹，蘋果梨的抗寒性明顯強於白梨及其原產地——朝鮮江原道北部的雜交梨產區北青，可能是沙梨系統的壹個變種，也可能是秋子梨的自然雜種。
曲柏紅等(2003)應用過氧化物酶同工酶技術對秋子梨、沙梨、白梨梨和西洋梨4個系統的56個品種和類型進行了分類，並對蘋果梨的分類地位進行了討論。結果表明，從過氧化物酶同工酶聚類圖和相似系數比較來看，蘋果梨與芽變品種東寧5號大理和棲霞大響水梨聚在壹起，然後與白梨系統的大部分品種聚在壹起。因此，認為蘋果梨與白梨系統在親緣關系上有很大的相似性。
從品種聚類圖中也可以看出，蘋果梨與其萌芽品種聚類後，首先與白梨系的代表品種鴨梨、青龍田及其與白梨的雜交種相遇。因此，從分子角度來看，將蘋果梨歸為白梨系統更為合適。