第壹，性質不同
1，低聚異麥芽糖
異麥芽低聚糖，又稱異麥芽低聚糖、異麥芽低聚糖、分支低聚糖等。是壹種澱粉糖，主要由異麥芽糖、戊糖、異麥芽三糖和四種以上糖通過葡萄糖分子間的α-1，6糖苷鍵結合而成的低聚糖組成。
2.低聚果糖
低聚果糖又稱低聚果糖或蔗糖三糖，是由蔗糖經現代生物工程技術——果糖基轉移酶制成的。由β-(1→2)糖苷鍵和1-3果糖分子組成的蔗糖三糖、三氯蔗糖四糖和三氯蔗糖五糖，屬於果糖和葡萄糖組成的直鏈雜寡糖。
第二，特點不同
1，低聚異麥芽糖
低聚異麥芽糖屬於難消化性低聚糖，具有水溶性膳食纖維的功能。因為低聚糖不被人體消化液消化，所以又稱為低分子量、不粘手、水溶性膳食纖維。而功能性低聚糖不具備膳食纖維的增稠、補水、飽腹等功能。
2.低聚果糖
低聚果糖具有確切的保健功能和優良的食品配料雙重品質。？具有低熱值、無齲齒、促進雙歧桿菌增殖、降血糖、改善血脂、促進微量元素吸收等優良的生理功能。低聚果糖是國際營養學家公認的“水溶性膳食纖維，具有極佳的消化性”，能雙向調節人體微生態平衡。
第三，應用不同
1，低聚異麥芽糖
低聚異麥芽糖具有許多優良的性質和保健生理功能，適合代替部分蔗糖添加到各種飲料和食品中。
2.低聚果糖
用於乳酸菌飲料、固體飲料、糖果糕點、餅幹、面包、果凍、冷飲、湯類、谷類等食品中。低聚果糖的添加不僅提高了食品的營養和保健價值，還能有效延長冰淇淋、酸奶、果醬等許多食品的保質期。
百度百科-低聚異麥芽糖
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