教育部設立的教育部重點實驗室:中國西部幹旱荒漠區草原資源與生態教育部重點實驗室。
教育部研究中心:棉花工程研究中心
農業部農業科學觀測實驗站:西北草食動物營養與飼料科學觀測實驗站
農業部國家特色林果研究中心:李湘品種改良中心
自治區級重點實驗室:新疆草原資源與生態實驗室、新疆草食動物肉奶營養實驗室、寒區旱區水文水資源與水利工程實驗室、旱區林業生態與產業技術實驗室、農林有害生物監測與安全防控實驗室、畜禽疫病防控實驗室和畜產品質量安全實驗室、新疆農業工程裝備創新設計實驗室。
自治區工程技術研究中心:新疆水果加工與保鮮工程技術中心、新疆水文水資源工程技術研究中心、新疆乳品工程技術研究中心。
自治區高校人文社會科學重點研究基地:幹旱地區農村發展研究中心
自治區教育廳高等院校重點實驗室:幹旱區林業生態與產業技術重點實驗室
新疆農業大學重點建設實驗室:新疆草地資源與生態重點實驗室、農業生物技術重點實驗室、棉花工程研究中心、新疆農業節水與水資源研究中心、農業信息化與數字農業研究中心、農產品加工工程技術中心、新疆特色果業研究中心、中亞農業經濟與農產品貿易研究中心。2006年至2013年，學校承擔了562項垂直科研項目，其中包括國家科技支撐。主持或參與的科研成果獲省級以上獎勵60項，其中國家科技進步二等獎2項，自治區科技進步壹等獎6項，自治區哲學社會科學成果壹等獎3項。通過12品種審定，獲得81項專利。2014年5月官網顯示，自2003年以來，該校承擔自治區農業適用性技術推廣項目48項，資金905萬元。與地、州、企業的科技合作項目232個。南疆在研科技合作項目僅34項，經費2645萬元。
科研成果中，新疆科技進步壹等獎、國家科技進步二等獎《漏鬥式全排沙技術及應用》通過激光測試儀和五孔皮托管球三維試驗裝置的試驗分析，揭示了三維清水和渾水流場的水力特性和懸移質排沙漏鬥的輸沙機理， 並集成了懸浮泥沙和推移質兩大功能，可同時清除粒徑大於0.05mm的各級泥沙，被專家鑒定為國際先進水平。
“新疆特色水果高效節水綜合技術研究與應用”獲新疆維吾爾自治區科技進步壹等獎。該項目針對林果業灌溉技術面臨的重大關鍵問題，開展了果樹微灌、水肥耦合、田間微環境調控等關鍵技術研究，開發了適用於果樹微灌的低壓低能耗新技術，開發了壹系列具有自主知識產權的微灌新產品，形成了農業高效節水技術應用管理模式，建立了綜合實驗基地。與地面灌溉技術相比，該研究技術可使果樹平均增產65438±00.6%，肥料利用率提高65438±05.4%，水分利用效率提高32.7%。系列高效過濾設備可降低水頭損失1 ~ 3m，提高除砂效率15 ~ 25%。研制的移動式滴灌機和過濾器已實現產業化。項目成果對實現新疆17萬畝特色果樹的健康發展發揮了重要支撐作用，對幹旱地區農業高效用水和水資源合理配置具有重要參考意義。開發的節水技術、產品和應用模式具有廣泛的推廣應用價值。館藏資源截止2014年3月，新疆農業大學圖書館藏書100余萬冊，期刊2200余種，中英文數據庫15個。是國家科技查新二級定點單位(1995)、FAO出版物館藏(1997)、教育部中國學術數字聯合圖書館項目新疆服務中心(2010)、新疆少數民族文獻資源數字化處理中心(2010)。《新疆農業大學學報》是由新疆農業大學主辦，面向國內外公開發行的綜合性農業學術期刊。成立於1965，2004年進入中國科技核心期刊。2008年被中國核心期刊目錄列為農業科學綜合性核心期刊。
對美國化學文摘(網絡版)、美國劍橋科學文摘:自然科學版、俄羅斯文學雜誌、英國動物學記錄、公共衛生、國際農業與生物科學中心數據庫文摘、中國生物學文摘、中國生物學文獻數據庫、中國林業文摘等國內外重要文獻進行檢索和檢索。
此外，中國期刊全文數據庫、中國學術期刊綜合評價數據庫、萬方數字期刊群、中國科技期刊數據庫均已收錄期刊為源期刊。