在考慮減肥藥治療時，應仔細權衡治療的潛在危險和患者持續減肥的潛在效益。當決定應用藥物治療時，還要註意下述問題。
（1）用藥時機。食欲抑制藥可用於成年肥胖者及經過選擇的青少年肥胖者。在應用了飲食限制、運動及行為療法後仍未起效時，可以選用這類藥物。食欲抑制藥可使饑餓感降低，體重迅速下降。
在綜合治療中，如果經調整劑量或已經使用了最大耐受量的食欲抑制藥達3 ～ 4 周而體重仍未減輕，則應停止該類藥物治療；如果體重繼續降低，則可再持續應用壹段時間。
（2）用藥的持續時間。有人主張食欲抑制藥只能在飲食控制等效果不佳時短期應用，但亦有人認為食欲抑制藥可以較長時間使用，以保持減肥療效，防止體重回升。將作用機制不同的食欲抑制藥合用可以增加療效，如將小劑量的苯丁胺與芬氟拉明合用，可減少耐受性的發生，增強療效而不良反應減少，可連續應用半年左右。芬氟拉明服用1 年仍能保持療效。但長期應用嗎吲哚可導致高胰島素血癥，長期治療時效果降低。食欲抑制藥長期治療究竟應持續多久尚無定論，多數患者在12 ～ 24 周內達到減肥目的，此後可在必要時（如節假日食品豐富時）間斷服藥以保持療效。把握適當時機用藥可減少肥胖治療時體重波動，停藥後能否保持減肥效果，還須依其他綜合因素而定。
（3）聯合用藥。大多數有效減肥藥均有不同程度的不良反應，大劑量應用時，尤其容易發生。將作用機制不同的藥物合用，可以增強減肥療效，減少藥物用量，減少不良反應的發生率。
例如將食欲抑制藥芬氟拉明和苯丁胺合用，由於其對攝食行為的影響機制不同，前者通過增強5- 羥色胺系統，後者通過增強兒茶酚胺類作用產生食欲抑制。二者合用時各藥劑量減少，但食欲抑制作用增強，減肥療效不亞於其中任何壹種的足量應用，而不良反應減少。長期應用嗎吲哚可導致高胰島素血癥，故長期使用時療效降低，若合用胰島素增敏劑如羅格列酮、二甲雙胍等則可糾正嗎吲哚的不良影響，增強療效。麻黃堿與咖啡因合用，由於後者可以阻斷突觸前膜腺苷A1 受體，因而阻斷對內源性去甲腎上腺素釋放的抑制，故可增強麻黃堿的食欲抑制作用，增強脂肪分解，因而合用可顯著降低肥胖癥患者的體重。中藥減肥藥與小劑量食欲抑制藥合用如大黃片與小劑量芬氟拉明合用可降低不良反應發生率，亦能達到良好的減肥效果。
（4）特殊人群用藥。青少年正處於生長發育階段，對其減肥的治療必須經過嚴格的篩選才能用藥，並且必須進行嚴格的用藥監護。
有研究認為，芬氟拉明、嗎吲哚、生長激素及小劑量的甲狀腺激素治療兒童肥胖癥壹般不影響其生長發育。妊娠期和哺乳期間禁用食欲抑制藥，因可能會影響胎兒發育及幼兒生長，其他減肥藥也不推薦使用。
（5）不良反應與選藥。絕大多數的食欲抑制藥及增加能量消耗的減肥藥都可以產生不同程度的中樞神經系統興奮作用，表現出易激惹癥狀、失眠、欣快感等。易感者及長期用藥者可發生依賴性，造成濫用，成癮者突然停藥會出現戒斷癥狀，尤以苯丙胺易成癮，故已禁止苯丙胺及含有苯丙胺的復合制劑用於減肥，其他也易產生依賴的苯丙胺類食欲抑制藥如芐非他明、甲苯丙胺只宜作為二線藥物用於減肥。芬氟拉明主要作用於5- 羥色胺而非兒茶酚胺，故不良反應主要表現為鎮靜作用，可造成抑郁癥，大劑量則可產生興奮作用，長期用藥後突然停藥可造成嚴重的抑郁，故用本品不能以間斷的方式給藥。食欲抑制藥及增加能量消耗的中樞興奮藥、甲狀腺素等，通過興奮交感神經系統而產生口幹、瞳孔放大、視力模糊、頭暈、心動過速、血壓升高、心律失常、出汗等，故高血壓、心絞痛、甲狀腺功能亢進患者不宜應用。使用嗎吲哚及常用劑量的芬氟拉明時，上述不良反應的發生率較低。壹般患者在應用上述減肥藥出現明確體重減輕時可以伴有血壓下降，易感者則出現血壓升高及心動過速。
使用脂肪酶抑制劑及葡萄糖苷酶抑制藥等胃腸道反應較多，前者還可影響脂溶性維生素的吸收，故長期應用應慎重。
（6）藥物的相互作用。從理論上講大多數食欲抑制藥都能促使腎上腺素能神經元釋放去甲腎上腺素和多巴胺，並能阻止這些遞質被神經末梢再攝取，引起血壓升高，並影響降壓藥的作用。但常用量的食欲抑制藥對壹般降壓藥作用的幹擾無明顯的臨床意義。盡管如此，在治療的最初4 ～ 6 周仍應每周監測血壓。抑制食欲的藥物與單胺氧化酶抑制劑合用，由於後者抑制內源性兒茶酚胺的氧化失活，加強這類遞質的作用，故可致高血壓危象，因此2 周內應用過任何單胺氧化酶抑制劑的患者禁用食欲抑制藥。同時服用堿性藥物可增加食欲抑制藥的血漿濃度，尿液酸化劑則可使血藥濃度下降。
總之，減肥應在專家指導下在飲食、運動、行為療法基礎上選用正規、合適的藥物輔助治療。切忌把減肥藥物作為主要手段，不註意飲食、運動及改變行為，這樣停藥後很容易出現反彈。
有些人對肥胖癥的危害沒有足夠的認識，不主動治療，最終會導致各種慢性並發癥，嚴重危害身體健康。而壹味追求形體美而過度減肥也是不足取的。