交驗申請人的身份證、戶口簿原件，提交復印件（復印身份證、戶口簿個人資料頁在同壹張A4紙上即可）。
已持有效《往來港澳通行證》，再次申請赴港澳訪問簽註的，無須提交身份證、戶口簿的復印件。
已向公安部門通報出境備案的國家機關工作人員、國有企業單位領導及銀行、金融等部門工作人員，申請辦理《往來港澳通行證》及個人撫港澳訪問簽註，須按幹部管理權限提交單位意見後向公安部門申請。
港澳通行證的辦理流程如下：
1、攜帶戶口簿和本人身份證前往所在縣市區公安局出入境支隊（或者當地行政服務中心公安局出入境支隊窗口）。
2、到公安局出入境支隊領取港澳通行證填寫表單，填寫完整信息即可。
3、到指定地點照相。
4、照相後到指定地點復印戶口簿和當事人身份證。
5、攜帶照片、復印件到出入境窗口審核材料，審核通過後繳費。
6、繳費完成後辦理港澳通行證郵寄手續，之後回家等快遞即可。
2018年9月1日起，內地居民可在全國範圍內任壹公安出入境管理機構異地申請換（補）發普通護照、往來港澳通行證、往來臺灣通行證；可在全國範圍內任壹公安出入境管理機構異地申請往來港澳臺團隊旅遊簽註。《港澳通行證》證件簡介內地居民因私往來香港或澳門特別行政區旅遊、探親、從事商務、培訓、就業等非公務活動，向戶口所在地的市、縣公安出入境管理部門提出申請。憑公安出入境管理部門簽發的往來港澳通行證及有效簽註前往。
內地居民前往香港或澳門特別行政區定居，向戶口所在地的市、縣公安出入境管理部門提出申請。憑公安出入境管理部門簽發的前往港澳通行證前往。前往香港特別行政區定居的，持證人須於羅湖口岸、深圳灣口岸、蛇口碼頭口岸（乘船）、福田口岸出境；前往澳門特別行政區定居的，持證人須於珠海拱北口岸出境。
大陸居民前往臺灣地區定居、探親或應邀參加經濟、科技、文化、教育、學術等活動，向戶口所在地的市、縣公安機關出入境管理部門提出申請。憑公安出入境管理部門簽發的大陸居民往來臺灣通行證及有效簽註前往。往來港澳通行證未滿十六周歲的有效期為5年，成年人電子往來港澳通行證有效期延長為10年，簽註分為探親簽註(T)、商務簽註(S)、團隊旅遊簽註(L)、個人旅遊簽註(G)、其他簽註(Q)和逗留簽註(D)。
持證人須在往來港澳通行證和簽註有效期內，按照規定的次數和停留時限往來香港或者澳門。來港澳前，必須取得內地公安部門簽發有關來港澳目的簽註（如團隊旅遊、個人旅遊、商務或其他簽註等）。持中國公民有效護照經香港前往其它國家或地區的過境旅客如能符合壹般的入境規定，包括持有前往目的地的有效入境證件及供海外旅遊並已經確認的續程車/船/機票，可在每次入境時獲準在港逗留7天而無需事先領有進入認可。
法律依據：《粵港澳直通車業務辦理指南》在廣東省投資的國外和香港、澳門、臺灣商戶，其上壹年度在廣東省納稅數額符合以下條件，可以申辦香港入出內地商務車指標：上壹年度納稅數額達到15萬元以上的，可以申辦第1個商務車指標；上壹年度的納稅數額達到50萬元以上的，可以申辦第2個商務車指標；上壹年度的納稅數額達到100萬元以上的，可以申辦第3個商務車指標；從申辦第4個商務車指標起，上壹年度的納稅數額每增加100萬元即可增辦1個商務車指標，最多不超過15個（包括該商戶已申辦的所有粵港、粵澳商務車指標）。