火腿腸的腸衣采用動物腸衣，其中常見的有豬腸衣和羊腸衣。豬腸衣具有良好的彈性和韌性，可以容納大量的填充物，保持火腿腸的形狀。使用豬腸衣是制作火腿腸的傳統方法，很多消費者對豬腸衣制作的火腿腸有壹定的偏好。羊腸比較細，彈性差，口感比較細膩，適合做小火腿腸。