因為，臭豆腐的發酵工序是在自然條件下進行的，易被微生物汙染。據測定，臭豆腐中含有大量揮發性基氨，平均每公斤含有4.9克。同時，還含有硫化氫，平均每公斤含有16.5毫克。此二成分，均為蛋白質分解的腐敗物質，對人體有害。除此類物質外，臭豆腐常受細菌汙染，其中包括致病菌。因此，臭豆腐不宜多吃。
南京、紹興、湖北、安徽、天津、雲南等地都有臭豆腐，口味和做法也隨著當地的飲食習慣而不同。除了油炸之外，還有黃山的蒸臭豆腐、雲南的鴨油臭豆腐、烤臭豆腐幹等等。
南京的臭豆腐可分為兩種，壹種是灰白的嫩豆腐，壹種是瓦灰的豆腐幹。嫩臭豆腐下到油鍋裏炸至金黃色，就可以起鍋，吃的時候澆上壹些辣椒醬、芝麻醬、蒜汁、香菜、小蔥、姜末，吃起來外脆內酥軟，味道香濃；灰色的臭豆腐幹子，在油裏炸的時間需稍久壹些，才能炸得透，隨著誘人的臭味彌漫開來，豆腐幹的表面就會起小泡泡，待色轉變成灰黑色，就可以吃了。這樣的臭豆腐幹子壹般切成小塊，串在竹簽上，炸熟後直接刷上攤主備下的調味醬，趁熱食之，香脆可口，頗有嚼頭。
南京高淳的臭豆腐在做法上也有些與眾不同。先用上好的黃豆制成水豆腐，然後把白嫩的水豆腐壓制成白白的豆腐幹子；再把豆腐幹加入到壹種鹵液中。此處的鹵液是最有講究的，需要用隔年留下的爛鹹菜汁做成，純綠色、純天然，沒有添加任何色素，散發出來的是很自然的臭味。把盛放的壇子封好口，再埋到地底下，數天之後取出，白豆腐已成青墨色的臭豆腐幹了。掰開豆腐幹，可以看到從裏面到外面，都是青墨色，聞聞奇臭，炸熟後入口卻又是奇香無比。這種地道的臭豆腐，近年來已經快在市場上絕跡，出售的多是些仿制的贗品。