隨著化肥的大量使用，其利用率下降是眾所周知的事實。這說明僅僅靠大量施用化肥來提高作物產量是有限的，更不用說環境汙染等壹系列問題了。為此，世界各國科學家壹直在努力探索提高化肥利用率的方法，以實現平衡施肥和合理施肥，克服其弊端。微生物肥料在解決這壹問題上發揮著獨特的作用。因此，根據我國作物類型和土壤條件，施用微生物肥料配合化肥，既能保證增產，又能減少化肥用量和成本，同時還能改善土壤和作物質量，減少汙染。
在綠色食品生產中的作用；
隨著人們生活水平的不斷提高，特別是人們對生活質量要求的提高，全世界都在積極發展綠色農業(生態有機農業)，生產安全無汙染的綠色食品。在生產綠色食品的過程中，要求不使用或盡量少用(或限量使用)化肥、化學農藥等化學品。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象的生長，提高品質；其次，不會導致申請對象產生和積累有害物質；三是對生態環境無不利影響。微生物肥料基本符合以上三個原則。近年來，我國利用具有特殊功能的菌株制成了多種微生物肥料，不僅可以減輕或減少農產品的汙染，還可以提高農產品的品質。
微生物肥料在環境保護中的作用:
利用微生物的特定功能，將城市固體廢棄物和農畜廢棄物進行分解發酵，制成微生物肥料，是壹種經濟、可行、有效的途徑。目前應用的方法主要有兩種。壹種是由工廠直接將大量的城市固體廢棄物作為原料加工成微生物有機復合肥；二是工廠生產專用微生物肥料(接種劑)並供應給堆肥廠(場)，再將各種農牧業物料進行堆肥，加快發酵進程，縮短堆肥周期，提高堆肥質量和腐熟度。此外，微生物肥料被用作土壤凈化劑。
土壤改良:
微生物肥料中的有益微生物能產生糖類，占土壤有機質的0.1%。當與植物粘液、礦物胚和有機膠體結合時，能改善土壤團粒結構，增強土壤物理性質，減少土壤顆粒流失，在壹定條件下，還能參與腐殖質的形成。因此，施用微生物肥料可以改善土壤物理性質，提高土壤肥力。