出現化膿性扁桃體炎時通常采取抗生素治療，例如：青黴素、頭孢曲松、氧氟沙星等，壹般來說三天左右即可得到有效緩解。
不過抗生素的使用必須的醫生的指導下進行，因為部分抗生素帶來的副作用會影響到小孩的生長發育，例如：18歲以下兒童禁止使用左氧氟沙星，否則會抑制骨骼的正常發育。
2 針灸療法
化膿性扁桃體炎的經絡傳感主要是肺經和腎經，所以中醫中可以采用針刺泄腎經和肺經的穴位取得較快的治療效果，常刺穴位包括：築賓穴、太溪穴、少商穴、商陽穴，壹般來說針刺後可以立刻止痛，數小時後可以退熱。
築賓穴：在小腿內側，當太溪穴與陰谷穴的連線上，太溪穴上5寸，腓腸肌肌腹的內下方。此穴可以散熱降溫。
太溪穴：太溪穴位於足內側，內踝後方與腳跟骨筋腱之間的凹陷處，此穴可以滋陰益腎，壯陽強腰。
少商穴：少商穴位於拇指橈側指甲角旁0.1寸。常用於治療肺炎、扁桃體炎、中風、昏迷、精神分裂癥等。
商陽穴：該穴位於人體的手食指末節橈側，距指甲角0.1寸。主要治療耳聾，齒痛，咽喉腫痛，頜腫，青盲，手指麻木，熱病，昏迷等疾病。
3 對癥治療
化膿性扁桃體炎通常有高熱、全身酸痛的癥狀，這個時候可以使用解熱鎮痛的藥物治療，這類藥物既能夠解熱鎮痛，有對抗菌有壹定的作用。
4 手術治療
如果扁桃體化膿頻繁發作，且扁桃體肥大時影響到了正常的呼吸和吞咽功能，或者引起了腎小球腎炎、心肌炎、關節炎等並發癥，建議對扁桃體采取切除治療，這樣既能夠使扁桃體化膿得到較快的治療，又能夠防止扁桃體化膿反復發作。