非手術療法包括內部療法和外部療法。
內部治療
1.清熱利濕:瘺管外口流出黏膿，色白或黃，外口封閉，局部腫痛，小便不利，舌質紅，苔黃膩，脈滑等癥狀均屬濕熱蘊結。治療要清熱利濕。方劑常以活血透蒲散加減。
2.清熱解毒:肛瘺外口閉合，惡寒發熱，局部紅腫熱痛，舌質紅，苔黃，脈數等癥狀均為熱毒蘊結。治療要清熱解毒。該方常以仙方活生湯加減。
3.滋陰養毒:任何瘺管外口凹陷、周圍顏色暗、膿稀、舌紅津液少、苔少或無、脈弱等癥狀，均屬陰虛型肛瘺。治療要養陰扶毒。方劑常以青蒿鱉甲湯加減。
4.滋補氣血:任何肛瘺時間長、肉芽新鮮、膿少、形體消瘦、面色晦暗、氣短、言語懶言、舌質淡、苔白、脈弱等癥狀都屬於氣血虧虛型。治療宜補益氣血。十補湯常用加減。
(2)外部治療
1.外洗法:局部腫痛時，可用苦參煎劑加減，煎劑趁熱熏洗。
2.外敷法:在肛瘺的急性期，可外敷黃金膏。
(3)手術治療
操作原理:
1.正確尋找內瘺口是手術成功的關鍵。
左手食指放入肛管，指尖按在牙線可疑內口處進行引導，右手握住探頭，從外口輕輕插入，找到內口。不要用力過猛，以免造成假道。如有必要，可通過外口註射色素溶液，從粘膜的染色情況可確定內口的位置。臨床常用L%龍膽紫過氧化氫溶液或1%亞甲藍過氧化氫溶液。如果是馬蹄形或高位肛瘺，管道彎曲成角度，很難壹次找到內口。管道要壹步壹步切開探查。仔細探查後，如找不到內口，可將可疑的肛竇作為內口，切瘺時應切開，並適當修剪或切斷肛竇周圍組織，使引流通暢。