陜西是回族較為集中的地區之壹(主要分布在水鏡和渭水流域)，全省回族人口約百萬。5月，1862，幫助陳波兒德才部的太平軍進入陜西。陜西清軍阻擊太平軍的同時，化州回民率先起義，渭河西岸回民爭相響應。反清的篝火在400公裏外的秦川迅速燃燒，反清的回族農民起義軍隊伍擴大到20多萬人。回族農民起義軍圍攻安數月，未能突破安。1863+00年期間，清軍多隆阿部采取“剿撫”兩手策略，使陜西回族農民起義軍損失慘重。壹部分回族農民起義軍轉向甘肅東部繼續鬥爭。
陜西回民農民起義軍起義之初，甘肅回民紛紛響應。1864年初，陜西回民陸續進入甘肅，回民農民起義軍日益壯大。在與清軍的反復鬥爭中，甘肅逐漸形成了四個反清鬥爭中心:以馬化龍領導的金雞堡為中心的軍區；馬占鰲領導的以賀州為中心的軍區；馬率領軍區以肅州(今酒泉)為中心。在回族農民起義軍的打擊下，清朝在甘肅的統治陷入混亂。陜甘總督楊和劉松山的舊湘軍在進入陜西的回民農民起義軍和撚軍的聯合進攻下不知所措。
由於楊無力鎮壓陜甘回民起義，清政府派閩浙總督左為陜甘總督，欽差督辦陜甘軍務。左明確了“遠在先秦之後”的作戰方針。
1867年7月，左率近兩萬湘軍轉戰陜西，對陜西回民農民起義軍步步緊逼，逐壹擊破，使陜西回民起義軍損失慘重。
1868 165438+10月，左決定了陜西的大局，於是加緊準備進軍甘肅，擬定了“三路入侵戰略”，分三路進軍甘肅:
劉松山領兵從綏德向西，指向金雞堡，就是北路；李耀南、吳世邁領兵從龍州、寶雞到周琴，為南路；左、劉典領兵從贛州經泰州、長武到荊州，為中路。其中，北路是重點進攻方向。
金雞堡位於靈州西南25多公裏處，東臨花馬池，南通固原，西臨黃河。是馬化隆回族農民起義軍的軍事核心。
做好壹切準備後，左大舉進攻甘肅回族農民起義軍。