苦瓜的種子處理主要有防止種子傳播病害、促進發芽、促進出苗健壯整齊等作用，主要有以下主要方法：
（1）溫湯浸種 這是最傳統的壹種種子處理方法，就是用55℃的熱水浸種。具體方法為：在盛種子的容器內先倒入壹份涼水（常溫、種子量的5～10倍），再倒入兩份開水（可達到55～60℃），邊倒水邊用棒狀溫度計順著壹個方向攪動，以後隨時加熱水，保持55℃10分鐘，以後自然降為30℃，浸種12小時（此時應把種殼嗑開，加速吸水）。
（2）熱水燙種 將種子放入容器內，先倒入壹些涼水浸沒種子，再用開水邊倒入邊用棒狀溫度計順著壹個方向攪動，使溫度達到70～75℃，保持2分鐘後倒入涼水，使水溫降至30℃，繼續浸種12小時。
以上兩種方法的特點是簡便易行，成本很低。
（3）幹熱處理 苦瓜種子尚未完全成熟時，用陽光晾曬處理（50～60℃幹熱條件）4小時左右，既能促進後熟，又有壹定增產作用。這種方法在農戶自己采種時非常簡便實用。
（4）藥劑處理 分為拌種和浸種兩種方式，主要是起到提高發芽率、種子消毒、促進生長健壯等作用。
藥劑拌種常用克菌丹、五氯硝基苯、多菌靈、撲海因、敵克松、福美雙、敵百蟲等殺菌殺蟲劑進行消毒，用藥量為種子重量的0.2%～0.3%，適宜幹拌，即藥劑和種子均為幹的。這樣不易產生藥害。拌過藥粉的種子應直接播種。
用藥液浸種時，必須嚴格掌握藥液濃度和浸種時間，否則易產生藥害。壹般藥液浸種前先用清水浸種3～4小時，然後再浸入藥液中，並按規定時間撈出種子，並用清水反復沖洗至無藥味。常用殺菌藥劑有福爾馬林（40%甲醛）對水100倍液浸種10～15分鐘，1%硫酸銅水溶液浸種5分鐘；鈍化病毒（防病毒病）藥劑有10%磷酸三鈉或氫氧化鈉水溶液浸種20分鐘；促進發芽藥劑有0.1%硫脲或5～10微升/升赤黴素水溶液浸種12小時。
另外，有條件的可采用微量元素物質，如硼酸、硫酸錳、硫酸鋅、鉬酸銨的500～700微升/升水溶液浸種，能夠促進種子的生理活性提高、酶活力增加，還能使根系發達，秧苗發育健壯。