（1）菌袋排放培養室應預先消毒，方法可參照接種、消毒的要求。菌袋進房後，長袋的采取臥倒排放，或“井”字形交叉重疊排放。短袋和瓶栽應立式排放。早春接種，因室內氣溫低，可把袋子集中重疊放在1～2個架床上，用薄膜圍罩，發菌2～3天，使之增加袋溫，加快菌絲定植，然後分開排放。（2）調節適溫黑木耳菌絲生長對溫度的要求，應按照不同的生長階段分別掌握。
①萌發期：即接種後15天內，室內溫度頭3天以26～28℃為宜，使菌絲在最適的環境中加快吃料，定植蔓延，占領培養料，造成優勢，減少雜菌汙染，但不宜超過30℃。從第四天起至15天內，隨著菌絲的生長發育，袋內溫度逐漸上升，壹般袋溫會比室溫高2℃，因此要把室溫調節在25～26℃。
②健壯期：第16天起至35天，是菌絲分解吸收營養能力最強階段，菌絲舒展、旺盛、健壯，新陳代謝加快，袋溫繼續升高，室溫以23～24℃為宜。
③成熟期：即35天之後，菌絲進入生理成熟階段，即將由營養生長過渡到生殖生長。室溫以18～20℃為宜。要掌握好溫度，必須在室內掛溫度計，隨時觀察溫度變化。調節溫度的辦法：在農村尚未普遍使用空調的情況下，主要靠門窗的開關。山區早春接種發菌氣溫低，可關門或用炭火升溫。若是燒煤，應設排氣筒，以防止二氧化碳危害菌絲。關門增溫時，壹定要註意通風，此時溫度下降，關門後仍可升溫。（3）控制濕度菌絲培育階段要求室內幹燥。空氣相對濕度應在55%～65%之間，後期不超過75%。兩天濕度大，除隨時打開門窗，加大通風量和增加通風次數外，可在培養室的地面撒些石灰粉，以降低空氣相對濕度。（4）宜暗避光菌絲培養階段要求黑暗環境，因黑木耳菌絲壹接觸光線，就容易形成耳芽。如果菌絲在生理成熟前出現耳芽，對產量有影響。為此，要把門窗用黑布遮擋，但要保持通風良好。當菌絲長到離袋瓶底85%～90%時，可提前2天進行暴光，誘引耳芽的形成。（5）通風增氧黑木耳是好氣性菌類，整個生長發育過程要求空氣新鮮，以保證有足夠的氧氣維持正常的代謝作用。為此，必須註意每天通風換氣1～2次，每次30分鐘，以促進菌絲生長。