發酵臭豆腐的臭味來源於發酵蛋白質，產生的硫化物、吲哚和部分具有臭味的氨基酸。非發酵臭豆腐的臭味來源於臭鹵水。
菜肴特色
臭豆腐“聞著臭”是因為豆腐在發酵腌制和後發酵的過程中，其中所含蛋白質在蛋白酶的作用下分解，所含的硫氨基酸也充分水解，產生壹種叫硫化氫（H2S）的化合物，這種化合物具有刺鼻的臭味。 在蛋白質分解後，即產生氨基酸，而氨基酸又具有鮮美的滋味，故“吃著香”。
臭豆腐聞起來臭、吃起來香，有些人對它敬而遠之，有些人則將吃它當成了壹種嗜好。其實，臭豆腐屬於發酵豆制品，制作過程中不僅會產生壹定的腐敗物質，還容易受到細菌汙染，從健康角度考慮，還是少吃為妙。
地區差異
臭豆腐在中國以及世界各地的制作方式和食用方式均存在地區上的差異。南京和長沙的臭豆腐幹相當聞名，但其制作以及味道均差異甚大。長沙街頭也有很多民間制作臭豆腐的能手，深受民眾的喜愛。南京的油炸臭豆腐是用壓板豆腐切成2.5厘米見方的塊，顏色為黑灰色。
料理方式
1、油炸臭豆腐
臭豆腐炸至外皮酥脆，撈起瀝幹油後，切塊裝盤或裝袋。
2、臭豆腐火鍋
壹般簡稱為“臭臭鍋”，是以火鍋高湯加入少許配料為湯底，之後放入生的臭豆腐幹（或過水後的臭豆腐幹），註入溫的高湯及加入其他佐料、調味料（如鹽、紅糖、辣椒粉、胡椒粉、生辣椒、蔥白、青蔥）並其他配料（火鍋料、肉片卷、配菜）壹同上桌。
3、臭豆腐乳
北京聞名的王致和臭豆腐為臭豆腐乳，是壹種腐乳，與南方流行的臭豆腐幹是兩種不同的食品。王致和臭豆腐乳不能油炸，為饅頭和大餅等面食的配品，並曾經為慈禧所喜愛，並賜雅名“禦青方”，簡稱青方。
4、炭烤臭豆腐
炭烤臭豆腐是臺灣夜市裏常見的小吃，用竹簽穿過食材後，塗抹烤肉醬，在炭火上烤數分鐘。外皮酥脆，內裏松軟，入口即化，因為加入了大量的調味醬，也使得臭豆腐原本的氣味被覆蓋許多。
5、清蒸臭豆腐
清蒸臭豆腐是類似清蒸魚的作法，將臭豆腐加入清淡爽口的湯底中，用清蒸的方式烹調。例如浙江特色小吃蒸雙臭即是將臭豆腐和臭菜梗同蒸。
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