我們為了滿足食欲和生理需求而吃的每壹口食物，包括金針菇，都是用牙齒和舌頭咀嚼，咀嚼，混合著唾液。先是裏面的澱粉開始分解，然後吞咽下去就會被推進胃裏。大部分食物中的蛋白質由於胃液的弱酸性和酶的存在，可以被初步消化，使食物中的蛋白質被擰開，多肽鏈被切成碎片，胃中的食物變成食糜，供後續進入小腸。不消化的部分自然到達大腸，壹定時間後自然排出體外。
金針菇含有甲殼素，不易被胃酸消化。這種物質只溶於強酸，如濃鹽酸、磷酸、硫酸、醋酸，但在弱酸、水、堿環境中非常穩定。制藥和食品工業也利用甲殼質的這種堅韌特性，精制和合成的甲殼質產品用於手術縫合線、增稠劑、粘合劑等。
如果金針菇被我們吃了，胃酸在壹定程度上可以消化壹部分金針菇，但是因為它的力度比較小，而且金針菇在我們胃裏停留的時間比較短，所以說金針菇進入腸道後沒有胃酸是消化不了的，最終會隨糞便排出體外，所以好像不是我們所有人都吸收的。