設有六個部門：辦公室、信息咨詢與教學研究室、網絡技術服務部、流通部、期刊部、采編部。現有工作人員51人，其中：正高級職稱1人，副高級職稱8人，中級職稱19人。擁有博士1人，在讀博士1人，碩士2人，在讀碩士2人，大學本科學歷18人。
建有圖書館局域網，擁有服務器3臺，3TB存儲系統1部，計算機80余臺。利用北京清大新洋公司的通用圖書館集成管理系統Glis8.0建立了館藏書目數據庫，利用方正Apabi軟件建立了新疆農業大學博碩士學位論文全文數據庫,實現了學位論文的網上提交、轉換發布。建立了新疆農業大學圖書館網站、新疆農業大學科技查新網站和新疆農業大學新疆動植物標本館網站。已全面實現了采編、流通、期刊管理、信息服務、公***查詢等業務工作的計算機網絡壹體化管理。
除提高實體文獻資源的保障率外，圖書館還非常註重與國內同行的資源***享合作以及虛擬資源的開發利用，先後與CALIS(中國高等教育文獻保障系統)農學中心、CASHL（中國高校人文社會科學文獻中心）、中國農業大學、南京農業大學、新疆大學等單位簽定文獻傳遞協議，與中國科學院合作完成《全國中西日俄文期刊聯合目錄》，與疆內11所院校建立了館際互借關系。