培養灰樹花菌種時，采用常壓滅菌鍋或滅菌爐的滅菌方法:先在鍋內加入足量的水，由下而上逐層將抽屜層裝滿菌袋，袋口朝上，待最後壹層抽屜層裝滿袋後繼續出料。當每層排到鍋中央時，縮短壹個塑料袋的位置，堆成倒錐形，扣上壹個半圓的鍋蓋(用細鋼筋焊成)，在外層蓋上壹個比鍋口30大的蓋子。用繩子從鍋底紮緊。如果沒有漏氣，可以用火加熱。達到100℃後，可保持8小時以上。悶4 ~ 6小時後，溫度自動降到60℃以下，才能揭開蓋子，從袋中取出。由於使用的聚乙烯塑料袋不能承受126℃的高溫，壹般不采用高壓滅菌。灰樹花需要高溫殺菌，所以需要蒸透加熱。滅菌過程還包括生料營養的分解。如果培養袋過大或堆疊過緊，不利於蒸汽均勻到達，需要延長消毒時間。灰樹花目前還不能用原料和整枝栽培，滅菌的蒸制作用也不容忽視。因此，無論采用哪種制棒方法，都需要棒與棒之間留有間隙，以便蒸汽能均勻地到達每根棒。
節能殺菌爐:標準轉籃用細鋼筋焊接而成，每個轉籃約20個裝15.5cm× 55cm的袋子，裝滿袋子的轉籃壹次可殺菌1000 ~ 2000個袋子。放好料袋後，關緊進出料門，然後升溫。滅菌爐內溫度達到100℃時，將計算滅菌時間，應保持100℃以上10 ~ 12小時。由於節能殺菌爐具有特殊的保溫結構，點火6 ~ 8小時，停火即可達到上述殺菌要求。繼續燉6小時左右，打開滅菌爐門，稍微冷卻，然後出鍋移入冷卻間冷卻。